Pengaktifan sel B berlaku dalam organ limfoid sekunder (SLO), contohnya seperti limpa dan nodus limfa.[1] Selepas sel-sel B menjadi matang dalam sumsum tulang, mereka berhijrah melalui darah ke SLO, yang menerima bekalan antigen yang berterusan melalui limfa yang beredar.[14] Di SLO, pengaktifan sel B bermula apabila sel B terikat kepada antigen melalui BCRnya.[15] Walaupun peristiwa yang berlaku sejurus selepas pengaktifan masih belum dapat ditentukan sepenuhnya, sel-sel B dipercayai diaktifkan mengikut model pengasingan kinetik, pada mulanya ditentukan dalam limfosit T. Model ini menunjukkan bahawa sebelum rangsangan antigen, reseptor meresap melalui membran yang bersentuhan dengan Lck dan CD45 dalam frekuensi yang sama, memberikan keseimbangan bersih antara proses pemfosforilan dengan proses bukan pemfosforilan. Hanya apabila sel tersebut bersentuhan dengan sel penyaji antigen barulah CD45 yang lebih besar disesarkan disebabkan oleh jarak yang rapat antara kedua-dua membran. Hal ini membolehkan pemfosforilan bersih BCR dan permulaan laluan transduksi isyarat. Daripada tiga subset sel B, sel B FO lebih cenderung untuk menjalani pengaktifan tertakluk sel T manakala sel B MZ dan sel B B1 lebih cenderung untuk menjalani pengaktifan bebas sel T. [16]

Pengaktifan sel B dipertingkatkan melalui aktiviti CD21, yang merupakan sejenis reseptor permukaan dengan keberadaan protein permukaan CD19 dan CD81 (ketiga-tiganya secara kolektif dikenali sebagai kompleks koreceptor sel B).[17] Apabila BCR mengikat antigen yang ditandakan dengan serpihan protein pelengkap C3, CD21 mengikat serpihan C3, berkoligat dengan BCR terikat, dan isyarat ditransduksi melalui CD19 dan CD81 untuk menurunkan ambang pengaktifan sel. [18]